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その後、弁護側が行ったDNA鑑定で、菅家さんのDNA型が犯人のものと一致しないことが判明。以下のように重要な補充書を次々と提出します。

『補充書1』　弁護団の依頼により、97年1０月2８日提出　　日本大学法医学教室で鑑定したところ、菅家さんの毛髪のDNA型が｢犯人のものと一致しない」ことが判明。

『補充書2』　９８年7月６日提出　DNA型が一致したとする科警研鑑定書添付写真を、弁護側が専門家に依頼してコンピューター解析した結果、｢一致と判定するには重大な疑問がある」ことが判明。

『補充書3』　９８年12月1日提出　　科警研DNA鑑定の欠陥や、デタラメな鑑定方法を科学的に追求したもの。

『補充書4』　９９年11月提出　　『DNA鑑定』と「任意性のない自白」の信用性を、鋭く追求したもの。

『補充書５』 2000年２月提出　菅家さんの公判廷での証言を心理学的に精緻に分析した複数の学術論文を添付し、彼の自白の信用性について詳述。

『補充書６』　２０００年７月７日（最高裁決定１０日前）提出　７９年発生の幼女殺害事件に関し、菅家さんの無実の証明にもつながる、､重要な目撃者の供述を変更させた、
「警察官による証拠捏造」という、極めて重大な事実を指摘。またDNA鑑定の再鑑定を求める申入書、鑑定資料の適切な保存を求める上申書を提出しました。

（しかしすべて無視されました。）